A Taça Intertoto nasceu na Suíça, para criar jogos no Verão de forma a permitir que os concursos de totobola não fossem interrompidos. Em 1961 realizou-se a primeira edição; a UEFA não quis organizar, mas autorizou que a competição se realizasse.
Até 1967 a prova encontrava um vencedor, mas dificuldades nas datas levaram que a partir desse ano se jogassem apenas os vários grupos no Verão, sem que a prova prosseguisse.
Em 1995 a UEFA adoptou a competição e começou a organizá-la, dando o rebuçado do apuramento para a Taça UEFA. Na primeira edição com dois clubes - qualificaram-se Estrasburgo e Bordéus, que aproveitaria para chegar à final nesse ano, numa equipa onde pontificavam Zidane, Lizarazu e Dugarry -, a partir daí com três.
Até 98 continuaram a jogar-se 12 grupos, seguindo-se várias eliminatórias. A partir de 98 a Intertoto passou a ter apenas eliminatórias, num formato que vai sendo melhorado quase todos os anos. A competição continua a ser única pelo facto de não encontrar um campeão - actualmente jogam-se três finais, com os vencedores a qualificarem-se para a Taça UEFA.
