O primeiro clube português a participar na Taça Intertoto foi o Sporting. A equipa portuguesa jogou a edição de 1968, numa altura em que a competição já terminava na fase de grupos, sem que continuasse depois para se encontrar um vencedor.
Nesse ano foram disputados 14 grupos. O Sporting foi colocado no A3 e venceu-o, batendo em casa o Rapid Viena (Áustria) por 4-1 e empatando com o Dukla Praga (Checoslováquia) por 1-1. Fora, a equipa lisboeta perdeu em Viena (0-3) mas conseguiu vencer em Praga (1-0).
Em 1973 Portugal voltou à competição, através da CUF. A equipa do Barreiro foi segunda no grupo 3, atrás do Hertha Berlim (RFA), mas à frente de Malmoe (Suécia) e Grasshoppers (Suíça). Em casa a CUF venceu o Malmoe (4-0) e o Grasshoppers (2-1) e empatou com o Hertha (0-0). Fora conseguiu apenas dois pontos, com uma vitória na Suíça (4-1), já que perdeu os outros dois jogos por 0-1.
Entre 74 e 76 Portugal participou com duas equipas na competição. Em 74 a CUF voltou a entrar e venceu o grupo 10, à frente de Landskrona (Suécia), Altay Izmir (Turquia) e Hammarby (Suécia). Venceu todas as partidas em casa, respectivamente por 1-0, 2-0 e 1-0, e fora empatou os dois encontros na Suécia (1-1 e 2-2) e perdeu na Turquia (1-2). Também em 74 estreou-se na prova o Vitória de Guimarães, segundo no grupo 2, atrás do Hamburgo (RFA) e à frente de Djurgardens (Suécia) e Neuchatel Xamax (Suíça). A equipa vimaranense também venceu as três partidas que fez em casa (3-1, 5-0 e 5-2), mas perdeu por duas vezes fora, em Hamburgo (0-2) e Estocolmo (1-3), tendo conseguido apenas vencer na Suíça (1-0).
Em 1975 os representantes portugueses foram o Belenenses e o Vitória de Setúbal. A equipa lisboeta venceu o grupo 9, à frente de Spartak Trnava (Checoslováquia), F.C.Amesterdão (Holanda) e KB Copenhaga (Dinamarca). O Belenenses somou quatro vitórias (em casa sobre checoslovacos e holandeses, por 2-1 e 1-0, e fora em Amesterdão e Copenhaga, ambas por 1-0) e dois empates (1-1 em casa com o KB Copenhaga e 2-2 fora com o Spartak Trnava). O Vitória de Setúbal foi segundo no grupo 10, atrás de Celik Zenica (Jugoslávia) e à frente de Banik Ostrava (Checoslováquia) e Elfsborg (Suécia). Os sadinos venceram em casa os dois últimos (2-1 e 2-0, respectivamente), mas perderam com o Celik (1-2). Fora, conseguiram empatar na Jugoslávia e na Suécia (a um golo), mas perderam em Ostrava (0-1).
Em 1976 o Vitória de Guimarães e o Belenenses somaram a sua segunda presença, conseguindo ambos o segundo lugar: o Vitória no grupo 7, atrás do Inter Bratislava (Checoslováquia) e à frente de Oostende (Bélgica) e Holbaek (Dinamarca); o Belenenses no grupo 8, atrás de Osters (Suécia) e à frente de Pogon Szczecin (Polónia) e Naestved (Dinamarca). O Vitória de Guimarães voltou a vencer os três jogos em casa (1-0 ao Inter Bratislava, 4-1 ao Oostende e 4-0 ao Holbaek), mas fora apenas conseguiu ganhar na Dinamarca (2-1), perdendo na Checoslováquia (0-4) e na Bélgica (0-2). O Belenenses, em casa, empatou com o Osters (1-1), venceu o Pogon (2-0) e perdeu com o Naestved (0-1); fora perdeu na Suécia (1-2), empatou na Polónia (2-2) e ganhou na Dinamarca (1-0).
Depois houve uma longa interrupção, quebrada com a participação do União de Leiria em 95, no primeiro ano em que foi a UEFA a organizar a competição. Os dois vencedores da prova tinham direito a disputar a Taça UEFA. A primeira fase da Taça Intertoto teve 12 grupos de cinco equipas, com apenas uma volta. Os 12 primeiros e os quatro melhores segundos disputavam as duas vagas na UEFA em três eliminatórias.
O União de Leiria ficou no grupo 4 e terminou no segundo lugar, atrás de Heerenveen (Holanda), mas à frente de Naestved (Dinamarca), Bekescsaba (Hungria) e Ton Pentre (Gales). Venceu em casa os holandeses (1-0) e empatou com os dinamarqueses (1-1), fora ganhou em Gales (3-0) e empatou na Hungria (2-2). Apesar de ter concluído o grupo sem derrotas, não conseguiu ser um dos quatro melhores segundos e foi eliminado.
A última equipa portuguesa a entrar na Intertoto foi o Estrela da Amadora, em 98. A competição já era jogada só em eliminatórias, como agora. O Estrela entrou na terceira e teve de enfrentar o Ruch Chorzow, da Polónia. Depois de dois empates a um golo, o vencedor teve de ser encontrado nos penalties. Os polacos foram mais felizes, superiorizando-se por 4-2.
