A segunda vez já foi na Liga dos Campeões, na temporada de 2000/01, também na fase de grupos. Em Alvalade registou-se um empate 2-2 (Sá Pinto e André Cruz; Roberto Carlos e Rui Jorge na pb). Já no Bernabéu, os espanhóis golearam por 4-0 (Guti, Sávio, e dois de Morientes).