Esta comissão, prevista na lei, será composta por cinco elementos, dois dos quais nomeados pela LPFP, enquanto os outros serão representantes da Federação Portuguesa de Futebol, do Sindicato dos Jogadores e da Associação Nacional de Treinadores.
As competências da Comissão de Auditoria são «garantir os parâmetros de reconhecimento da natureza profissional das competições desportivas; garantir o cumprimento dos orçamentos aprovados pelas Sociedades Desportivas; verificar a situação tributária e contributiva das Sociedades Desportivas ao longo da época desportiva; e verificar o cumprimento por parte das Sociedades Desportivas na prestação de contas que as mesmas têm de efetuar perante a Liga».
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